Cutáneas: raramente erupción y prurito. En casos aislados, fotosensibilidad, eritema multiforme, alopecia. Musculoesqueléticas: en casos aislados, artralgia, debilidad muscular y mialgia. Sistema nervioso central y periférico: cefalea, raramente mareos, parestesia, somnolencia, insomnio y vértigo; en casos aislados, confusión mental reversible, agitación, depresión y alucinaciones, sobre todo en pacientes con enfermedad severa. Gastrointestinales: diarrea, constipación, dolor abdominal, náuseas, vómitos y flatulencia; en casos aislados, sequedad de boca, estomatitis y candidiasis gastrointestinal.
Hepáticas: raramente incremento de las enzimas hepáticas; en casos aislados, encefalopatía en pacientes con enfermedad hepática severa preexistente, hepatitis con ictericia o no y falla hepática.
Endócrinos: en casos aislados, ginecomastía.
Hemáticos: en casos aislados, leucopenia y trombocitopenia. Otros: raramente debilidad. Reacciones de hipersensibilidad, por ejemplo, urticaria (rara) y en casos aislados angioedema, fiebre, broncoespasmo y nefritis intersticial; en casos aislados, incremento del sudor, edema periférico, visión borrosa y trastornos del gusto. Se han informado, en casos aislados, deterioro visual irreversible en pacientes en estado crítico que habían recibido omeprazol inyección IV, en especial en altas dosis. Sin embargo, no ha sido establecida una relación causal entre el omeprazol y los efectos sobre la visión.